熊鹏
特任研究员
熊鹏博士，男，1987年生，现任中国科学技术大学特任研究员。分别于2009年和2015年毕业于中国科学技术大学并取得学士和博士学位。毕业之后在美国密歇根大学、中国科学技术大学、澳大利亚格里菲斯大学相继开展博士后研究。2021年参与创立上海智峪生物科技有限公司任CTO，2023年加入中国科学技术大学苏州高等研究院生物医学工程学院，主要研究方向是发展统计力场用于蛋白质与核酸分子的结构建模与设计，开发了国内首款蛋白质序列设计软件ABACUS，在结构预测比赛CASP15中获得RNA组第一名。
工作经历
2023/03-至今，中国科大苏州高等研究院，特任研究员
2021/05-2023/03，上海智峪生物科技有限公司，CTO
2018/05-2021/05，澳大利亚格里菲斯大学，博士后
2016/08-2018/05，中国科学技术大学，博士后
2015/06-2016/06，美国密歇根大学，博士后
学习经历
2009/09-2015/06，中国科学技术大学，生物信息学，博士
2005/09-2009/07，中国科学技术大学，生物科学，学士
电子邮箱
主要科研方向
1.RNA三维结构预测
2.蛋白质设计
3.功能RNA分子设计及蛋白质核酸相互作用设计
获奖及荣誉情况
2022年结构预测大赛CASP15 RNA组第一名
主要学术论文
1.Peng Xiong*, Meng Wang*, Xiaoqun Zhou, Tongchuan Zhang, Jiahai Zhang, Quan Chen, and Haiyan Liu. "Protein design with a comprehensive statistical energy function and boosted by experimental selection for foldability." Nature communications 5 (2014).
2.Xiaoqun Zhou, Peng Xiong, Meng Wang, Rongsheng Ma, Jiahai Zhang, Quan Chen, and Haiyan Liu. "Proteins of well-defined structures can be designed without backbone readjustment by a statistical model." Journal of Structural Biology 196, no. 3 (2016): 350-357
3. Peng Xiong, Chengxin Zhang, Wei Zheng, and Yang Zhang. "BindProfX: Assessing mutation-induced binding affinity change by protein interface profiles with pseudo counts." Journal of Molecular Biology (2016).
4. Peng Xiong, Quan Chen, and Haiyan Liu. "Computational Protein Design Under a Given Backbone Structure with the ABACUS Statistical Energy Function." Methods Mol Biol1529, 217-226 (2017).
5. Peng Xiong, Xiuhong Hu, Bin Huang, Jiahai Zhang, Quan Chen, and Haiyan Liu. "Increasing the efficiency and accuracy of the ABACUS protein sequence design method." Bioinformatics 36, no. 1 (2020).
6. Zhe Zhang*, Peng Xiong*, Tongchuan Zhang, Junfeng Wang, Jian Zhan and Yaoqi Zhou, Accurate inference of the full base-pairing structure of RNA by deep mutational scanning and covariation-induced deviation of activity, Nucleic Acid Research (2020).
7. Peng Xiong , Ruibo Wu, Jian Zhan and Yaoqi Zhou. Pairing a high-resolution statistical potential with a nucleobase-centric sampling algorithm for improving RNA model refinement, Nature Communications (2021).
