许川，中国科学技术大学特任教授，博士生导师，2025年入选国家级高层次青年人才项目（海外）。主要利用单细胞多组学大数据开发机器学习/人工智能算法工具，解析细胞类型、细胞状态及复杂器官的组织规律，以第一作者或通讯作者在Cell、Science、Nature Communications等国际期刊发表论文29篇，总引用5800余次。研究方向包括：1.人工智能驱动的单细胞多组学算法与工具开发；2.跨组织免疫细胞图谱构建及免疫系统组织特异性机制；3.基于比较生物学的脑进化与神经退行性疾病机制。目前面向不同学科背景招收博士后、硕士/博士研究生、科研助理及青年科研人员，欢迎具有持续学习能力的优秀人才加入。
工作经历
2026/07-至今，中国科学技术大学苏州高等研究院，特任教授
2020/11-2026/05，剑桥大学干细胞研究所&威康桑格研究所，博士后（导师：Sarah Teichmann）
2018/09-2020/09，耶鲁大学神经科学系，博士后（导师：Nenad Sestan）
学习经历
2013/09-2018/06，中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所，博士（导师：Philipp Khaitovich）
2009/09-2013/07，中国科学技术大学，学士
电子邮箱
chuanxu@ustc.edu.cn
主要科研项目
2025年国家级高层次青年人才项目（海外）
获奖及荣誉情况
The Chan Zuckerberg Initiative (CZI) Single-CellBiology Data Insights Cycle 2 ($313,901), 2023-2026
主要学术论文
通讯作者
1. L. Tang, N. Xu, M. Huang, W. Yi, X. Sang, M. Shao, Y. Li, Z.-Z. Hao, R. Liu, Y. Shen, F. Yue, X. Liu#,C. Xu#, S. Liu#, A primate nigrostriatal atlas of neuronal vulnerability and resilience in a model of Parkinson’s disease.Nat. Commun. 14, 1–13 (2023).
第一作者或共同第一作者
2. S. Webb*, A. Rose*,C. Xu*, L. Steele*, M. A Kuri*, E. Stephenson*, K. Inecik*, D. Jafree*, A. R Foster, D. Basurto-Lozada, N. Chipampe, A. V Pournara*, M. Jacques, K. To, C. Admane, E. Kritikaki, M. A Chroscik, D. Horsfall, J. Foreman, K. Rademaker, J. Karjalainen, A. Laddach, S. Madad, J. EG Lawrence, V. Kleshchevnikov, S. Lisgo, J. Tsz Hang Lee, J. Blevinal, A. Alqahtani, S. Makarchuk, J. Jackson, E. Ucuncu, T. P Silva, V. Lorenzi, F. Torabi, R. A Botting, K. Roberts, B. Olabi, K. P Chakala, L. Dony, G. Dall’Aglio, A. Cujba, H. J Whitfield, C. Hale, J. Engelbert, T. Li, E. Prigmore, N. Hudaa Gopee, M. W Mather, B. Talks, L. Fei, D. Pereira, C. Moldovan, R. Elmentaite, K. Polanski, A. V Predeus, P. Mazin, V. Rowe, S. Bayraktar, V. R Knight-Schrijver, M. Clatworthy, K. Kanemaru, J. Cranley, A. Guo, S. Sinha, D. McDonald, A. Filby, J. Kerwin, P. He, I. Sequeira, R. Vento-Tormo, M. D Luecken, A. Chédotal, D. Taylor, S. Martin-Almedina, P. Ostergaard, S. Behjati, E. Robertson, N. K Wilson, J. Marioni, H. V Firth, C. F Wright, O. Pourquie, L. Gambardella, P. Alexandre, B. Gottgens, K. B Meyer, M. Vijayabaskar, M. Lotfollahi, S. A. Teichmann, F. J Theis, F. Progatzky, O. Ali Bayraktar, M. Haniffa, An integrated single cell and spatial omics atlas of human prenatal development.bioRxiv, doi: 10.64898/2026.03.30.714220 (2026).
3. C. Xu, M. Prete, S. Webb, L. Jardine, B. J. Stewart, R. Hoo, P. He, K. B. Meyer, S. A. Teichmann, Automatic cell-type harmonization and integration across Human Cell Atlas datasets.Cell. 186, 5876–5891.e20 (2023).
4. C. D. Conde*,C. Xu*, L. B. Jarvis*, D. B. Rainbow*, S. B. Wells*, T. Gomes, S. K. Howlett, O. Suchanek, K. Polanski, H. W. King, L. Mamanova, N. Huang, P. A. Szabo, L. Richardson, L. Bolt, E. S. Fasouli, K. T. Mahbubani, M. Prete, L. Tuck, N. Richoz, Z. K. Tuong, L. Campos, H. S. Mousa, E. J. Needham, S. Pritchard, T. Li, R. Elmentaite, J. Park, E. Rahmani, D. Chen, D. K. Menon, O. A. Bayraktar, L. K. James, K. B. Meyer, N. Yosef, M. R. Clatworthy, P. A. Sims, D. L. Farber, K. Saeb-Parsy, J. L. Jones, S. A. Teichmann, Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans.Science (cover of issue). 376, eabl5197 (2022).
5. C. Xu*, Q. Li*, O. Efimova, X. Jiang, M. Petrova, A. K Vinarskaya, P. Kolosov, N. Aseyev, K. Koshkareva, V. N. Ierusalimsky, P. M. Balaban, P. Khaitovich, Identification of Immediate Early Genes in the Nervous System of SnailHelix lucorum.eNeuro. 6 (2019).
6. C. Xu*, Q. Li*, O. Efimova, L. He, S. Tatsumoto, V. Stepanova, T. Oishi, T. Udono, K. Yamaguchi, S. Shigenobu, A. Kakita, H. Nawa, P. Khaitovich, Y. Go, Human-specific features of spatial gene expression and regulation in eight brain regions.Genome Res. 28, 1097–1110 (2018).
7. Q. Li*, K. Bozek*,C. Xu*, Y. Guo, J. Sun, S. Pääbo, C. C. Sherwood, P. R. Hof, J. J. Ely, Y. Li, L. Willmitzer, P. Giavalisco, P. Khaitovich, Changes in Lipidome Composition during Brain Development in Humans, Chimpanzees, and Macaque Monkeys.Mol. Biol. Evol. 34, 1155–1166 (2017).
8. S. Guo*, H. Hu*,C. Xu*, N. Irie, P. Khaitovich, Gene expression patterns in chordate embryonic development suggest partial applicability of Haeckel’s postulates.bioRxiv, doi:10.1101/2020.08.25.265843 (2020).
共同作者
9. D. Osumi-Sutherland,C. Xu, M. Keays, A. P. Levine, P. V. Kharchenko, A. Regev, E. Lein, S. A. Teichmann, Cell type ontologies of the Human Cell Atlas.Nat. Cell Biol. 23, 1129–1135 (2021).
10. Y. Gu, R. Bartolomé-Casado,C. Xu, A. Bertocchi, A. Janney, C. Heuberger, C. F. Pearson, S. A. Teichmann, E. E. Thornton, F. Powrie, Immune microniches shape intestinal Treg function.Nature. 628, 854–862 (2024).
11. K. Polański, R. Bartolomé-Casado, I. Sarropoulos,C. Xu, N. England, F. L. Jahnsen, S. A. Teichmann, N. Yayon, Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data.Bioinformatics. 40-9, btae546 (2024).
12. J.-R. Wei, Z.-Z. Hao,C. Xu, M. Huang, L. Tang, N. Xu, R. Liu, Y. Shen, S. A. Teichmann, Z. Miao, S. Liu, Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing.Nat. Commun. 13, 6902 (2022).
13. S. Ma, M. Skarica, Q. Li,C. Xu, R. D. Risgaard, A. T. N. Tebbenkamp, X. Mato-Blanco, R. Kovner, Ž. Krsnik, X. de Martin, V. Luria, X. Martí-Pérez, D. Liang, A. Karger, D. K. Schmidt, Z. Gomez-Sanchez, C. Qi, K. T. Gobeske, S. Pochareddy, A. Debnath, C. J. Hottman, J. Spurrier, L. Teo, A. G. Boghdadi, J. Homman-Ludiye, J. J. Ely, E. W. Daadi, D. Mi, M. Daadi, O. Marín, P. R. Hof, M.-R. Rasin, J. Bourne, C. C. Sherwood, G. Santpere, M. J. Girgenti, S. M. Strittmatter, A. M. M. Sousa, N. Sestan, Molecular and cellular evolution of the primate dorsolateral prefrontal cortex.Science. 377, eabo7257 (2022).
14. L. X. Garmire, Y. Li, Q. Huang,C. Xu, S. A. Teichmann, N. Kaminski, M. Pellegrini, Q. Nguyen, A. E. Teschendorff, Challenges and perspectives in computational deconvolution of genomics data.Nat. Methods. 21, 391–400 (2024).
15. C. Suo, E. Dann, I. Goh, L. Jardine, V. Kleshchevnikov, J.-E. Park, R. A. Botting, E. Stephenson, J. Engelbert, Z. K. Tuong, K. Polanski, N. Yayon,C. Xu, O. Suchanek, R. Elmentaite, C. Domínguez Conde, P. He, S. Pritchard, M. Miah, C. Moldovan, A. S. Steemers, P. Mazin, M. Prete, D. Horsfall, J. C. Marioni, M. R. Clatworthy, M. Haniffa, S. A. Teichmann, Mapping the developing human immune system across organs.Science. 376, eabo0510 (2022).
16. S. R. Taylor, G. Santpere, A. Weinreb, A. Barrett, M. B. Reilly,C. Xu, E. Varol, P. Oikonomou, L. Glenwinkel, R. McWhirter, A. Poff, M. Basavaraju, I. Rafi, E. Yemini, S. J. Cook, A. Abrams, B. Vidal, C. Cros, S. Tavazoie, N. Sestan, M. Hammarlund, O. Hobert, D. M. Miller 3rd, Molecular topography of an entire nervous system.Cell. 184, 4329–4347.e23 (2021).
17. L. Sikkema, C. Ramírez-Suástegui, D. C. Strobl, T. E. Gillett, L. Zappia, E. Madissoon, N. S. Markov, L.-E. Zaragosi, Y. Ji, M. Ansari, M.-J. Arguel, L. Apperloo, M. Banchero, C. Bécavin, M. Berg, E. Chichelnitskiy, M.-I. Chung, A. Collin, A. C. A. Gay, J. Gote-Schniering, B. Hooshiar Kashani, K. Inecik, M. Jain, T. S. Kapellos, T. M. Kole, S. Leroy, C. H. Mayr, A. J. Oliver, M. von Papen, L. Peter, C. J. Taylor, T. Walzthoeni,C. Xu, L. T. Bui, C. De Donno, L. Dony, A. Faiz, M. Guo, A. J. Gutierrez, L. Heumos, N. Huang, I. L. Ibarra, N. D. Jackson, P. Kadur Lakshminarasimha Murthy, M. Lotfollahi, T. Tabib, C. Talavera-López, K. J. Travaglini, A. Wilbrey-Clark, K. B. Worlock, M. Yoshida, Lung Biological Network Consortium, M. van den Berge, Y. Bossé, T. J. Desai, O. Eickelberg, N. Kaminski, M. A. Krasnow, R. Lafyatis, M. Z. Nikolic, J. E. Powell, J. Rajagopal, M. Rojas, O. Rozenblatt-Rosen, M. A. Seibold, D. Sheppard, D. P. Shepherd, D. D. Sin, W. Timens, A. M. Tsankov, J. Whitsett, Y. Xu, N. E. Banovich, P. Barbry, T. E. Duong, C. S. Falk, K. B. Meyer, J. A. Kropski, D. Pe’er, H. B. Schiller, P. R. Tata, J. L. Schultze, S. A. Teichmann, A. V. Misharin, M. C. Nawijn, M. D. Luecken, F. J. Theis, An integrated cell atlas of the lung in health and disease.Nat. Med. 29, 1563–1577 (2023).
18. E. Madissoon, A. J. Oliver, V. Kleshchevnikov, A. Wilbrey-Clark, K. Polanski, N. Richoz, A. Ribeiro Orsi, L. Mamanova, L. Bolt, R. Elmentaite, J. P. Pett, N. Huang,C. Xu, P. He, M. Dabrowska, S. Pritchard, L. Tuck, E. Prigmore, S. Perera, A. Knights, A. Oszlanczi, A. Hunter, S. F. Vieira, M. Patel, R. G. H. Lindeboom, L. S. Campos, K. Matsuo, T. Nakayama, M. Yoshida, K. B. Worlock, M. Z. Nikolić, N. Georgakopoulos, K. T. Mahbubani, K. Saeb-Parsy, O. A. Bayraktar, M. R. Clatworthy, O. Stegle, N. Kumasaka, S. A. Teichmann, K. B. Meyer, A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche.Nat. Genet. 55, 66–77 (2023).
19. D. Franjic, M. Skarica, S. Ma, J. I. Arellano, A. T. N. Tebbenkamp, J. Choi,C. Xu, Q. Li, Y. M. Morozov, D. Andrijevic, Z. Vrselja, A. Spajic, G. Santpere, M. Li, S. Zhang, Y. Liu, J. Spurrier, L. Zhang, I. Gudelj, L. Rapan, H. Takahashi, A. Huttner, R. Fan, S. M. Strittmatter, A. M. M. Sousa, P. Rakic, N. Sestan, Transcriptomic taxonomy and neurogenic trajectories of adult human, macaque, and pig hippocampal and entorhinal cells.Neuron. 110, 452–469.e14 (2022).
20. W. Huang, Q. Xu, J. Su, L. Tang, Z.-Z. Hao,C. Xu, R. Liu, Y. Shen, X. Sang, N. Xu, X. Tie, Z. Miao, X. Liu, Y. Xu, F. Liu, Y. Liu, S. Liu, Linking transcriptomes with morphological and functional phenotypes in mammalian retinal ganglion cells.Cell Rep. 40, 111322 (2022).
21. Y. Wang, G. Dai, Z. Gu, G. Liu, K. Tang, Y.-H. Pan, Y. Chen, X. Lin, N. Wu, H. Chen, S. Feng, S. Qiu, H. Sun, Q. Li,C. Xu, Y. Mao, Y. E. Zhang, P. Khaitovich, Y.-L. Wang, Q. Liu, J.-D. J. Han, Z. Shao, G. Wei, C. Xu, N. Jing, H. Li, Accelerated evolution of an Lhx2 enhancer shapes mammalian social hierarchies.Cell Res. 30, 408–420 (2020).
22. K. Börner, P. D. Blood, J. Silverstein, M. Ruffalo, S. A. Teichmann, G. Pryhuber, R. Misra, J. Purkerson, J. Fan, J. W. Hickey, G. Molla,C. Xu, Y. Zhang, G. Weber, Y. Jain, D. Qaurooni, Y. Kong, A. Bueckle, B. Herr, Human BioMolecular Atlas Program (HuBMAP): 3D Human Reference Atlas Construction and Usage.Nat. Methods. 22, 845–860 (2025).
23. S. B. Wells, D. B. Rainbow, M. Mark, P. A. Szabo, C. Ergen, A. R. Maceiras, D. P. Caron, E. Rahmani, E. Benuck, V. V. P. Amiri, D. Chen, A. Wagner, S. K. Howlett, L. B. Jarvis, K. L. Ellis, M. Kubota, R. Matsumoto, K. Mahbubani, K. Saeb-Parsy, C. Dominguez-Conde, L. Richardson,C. Xu, S. Li, L. Mamanova, L. Bolt, A. Wilk, S. A. Teichmann, D. L. Farber, P. A. Sims, J. L. Jones, N. Yosef, Multimodal profiling reveals tissue-directed signatures of human immune cells altered with age.Nat. Immunol. 26, 1612–1625 (2025).
24. L. Fei, I. Huang-Doran, K. Lawler, Y. Yu, J. Patrick Pett, K. M Méndez-Acevedo, D. Shah, J. Margalef-Rieres, J. S Pohlman, B. Cakir, M. R Moy, R. G Legg,C. Xu, K. To, D. Pham, A. V Predeus, R. Hanssen, T. M Cacciottolo, R. Kapuge, K. Polanski, A. J. Oliver, S. A. Teichmann, I. Sadaf Farooqi, A Hormone Cell Atlas maps the human endocrine system at cellular resolution.Science. 1126, aeb2672 (2026).
25. S. Zheng Kai Tan, A. Puig-Barbe, D. Goutte-Gattat, C. Eastwood, B. Aevermann, A. Avola, J. P Balhoff, I. Ugur Bayindir, J. Belfiore, A. Reane Caron, D. S Fischer, N. George, B. M Gyori, M. A Haendel, C. Tapley Hoyt, H. Kir, T. Lubiana, N. Matentzoglu, J. A Overton, B. Peng, B. Peters, E. M Quardokus, P. L Ray, P. Roncaglia, A. D Rivera, R. Stefancsik, W. Kheng Teh, S. Toro, N. Vasilevsky,C. Xu, Y. Zhang, R. H Scheuermann, C. J Mungall, A. D Diehl, D. Osumi-Sutherland, The Cell Ontology in the age of single-cell omics.Sci Data. Doi: 10.1038/s41597-026-07173-8 (2026).
26. S. N Barnett, A. Cujba, L. Yang, A. Raquel Maceiras, S. Li, V. R Kedlian, J. Patrick Pett, K. Polanski, A. MA Miranda,C. Xu, J. Cranley, K. Kanemaru, M. Lee, L. Mach, S. Perera, C. Tudor, P. D Joseph, S. Pritchard, R. Toscano-Rivalta, Z. K Tuong, L. Bolt, R. Petryszak, M. Prete, B. Cakir, A. Huseynov, I. Sarropoulos, R. A Chowdhury, R. Elmentaite, E. Madissoon, A. J Oliver, L. Campos, A. Brazovskaja, T. Gomes, B. Treutlein, C. N Kim, T. J Nowakowski, K. B Meyer, A. M Randi, M. Noseda, S. A. Teichmann, An organotypic atlas of human vascular cells.Nat. Med. 30, 3468–3481 (2024).
27. K. To, L. Fei, J. P. Pett, K. Roberts, R. Blain, K. Polański, T. Li, N. Yayon, P. He,C. Xu, J. Cranley, M. Moy, R. Li, K. Kanemaru, Ni.Huang, S. Megas, L. Richardson, R. Kapuge, S. Perera, E. Tuck, A. Wilbrey-Clark, I. Mulas, F. Memi, B. Cakir, A. V Predeus, D. Horsfall, S. Murray, M. Prete, P. Mazin, X. He, K. B Meyer, M. Haniffa, R. A Barker, O. Bayraktar, A. Chédotal, C. D Buckley, S. A. Teichmann, A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development.Nature. 635, 657–667 (2024).
28. J. P. Pett, M. Prete, D. Pham, N. England, H. Yuan, E. Prigmore, L. Tuck, A. Oszlanczi, K. To,C. Xu, C. Suo, E. Dann, P. He, V. Kedlian, K. Kanemaru, J. Cranley, L. Yang, R. Elmentaite, A. J Oliver, A. Cujba, B. Cakir, S. Murray, K. T Mahbubani, K. Saeb-Parsy, L. Gambardella, M. Kasper, M. Haniffa, M. C Nawijn, S. A. Teichmann, K. B. Meyer, An atlas of TF driven gene programs across human cells.bioRxiv, doi: 10.1101/2025.05.30.657075 (2025).
29. V. D. Bocchi, K. To, L. Weber, P. Zumbo, L. Kim, I. Yuko Shida, D. Yang, P. Storm, A. Fiorenzano, E. Sozzi, J. Hackland,C. Xu, T. Kim, F. Memi, N. J Drummond, N. Bestard-Cuche, A. Corsinotti, O. Bayraktar, N. Sawarkar, R. S Tipon, K. K. Sudhakar, A. Zhong, S. Y. Koo, J. Piao, X. He, D. Horsfall, D. Basurto-Lozada, T. Zhou, V. Tabar, J. E Powell, R. A Barker, B. Treutlein, G. Croft, A. Morizane, T. Kunath, M. Parmar, S. Blaess, R. Awatramani, D. Betel, S. A Teichmann, L. Studer, A human developmental and adult brain atlas benchmarks dopaminergic stem cell models and cell therapy candidates.bioRxiv, doi: 10.64898/2026.06.19.733041 (2026).
